中间的空格数如果是固定的，可以用下面这种方式删除（举例删除第3列）：

string filename = "text.txt";

string[][] lines = File.ReadAllLines(filename).Select(x => x.Split(new string[] { "  " },StringSplitOptions.RemoveEmptyEntries)).ToArray();

int columnIndex = 2; //删除第3列

string[] results = lines.Select(x => x.Where((y, index) => index != columnIndex).ToArray()).Select(x => string.Join("  ", x)).ToArray();

File.WriteAllLines(filename, results);

删除的txt文件内容：

11  22  33  44

11  22  33  44

11  22  33  44

11  22  33  44

11  22  33  44